جایی که متن را متوجه نشویم، از روش، سخن گفته می‌شود. یعنی فهم قرآن مشکل دارد. آن هم نه سطحی؛ بلکه اساسی؛ و احتیاج به مهارت دارد. (اگر مشکل سطحی باشد مثل کلمه و لغت، با مراجعه به کتب لغت قابل حل است).
مشکلات پیش رو: 1. پیچیدگی، 2. پراکندگی، 3. تشابه، 4. دقت در متن قرآن و استفاده از واژه‌ها: بر خلاف ما که در استفاده از واژه‌ها معمولاً دقت نداریم و یک مراد را می‌توانیم به کمک 10 واژه بیان کنیم؛ خداوند یک انتخاب دقیق دارد از لغات و ادبیات و بهترین شکل از نمونه‌های گفتاری.
اگر هر متنی یکی از این مشکلات را همراه داشت، نیازمند به روش بود، چه برسد به قرآن که هر چهار مشکل را دارد.
حال چرا قرآن که کتاب همه است، با این مشکلات همراه است؟
1- رسالت قرآن، هدایت‌گری است نه اطلاع‌رسانی و آگاهی‌دهی. لذا قرآن از اطلاعاتی که مضرّ به هدایت است، پرهیز می‌کند و به مطالب حاشیه‌ای نمی‌پردازد.
2- گستره مخاطبین، قرآن برای تمامی نسل‌ها در تمامی محیط‌ها می‌باشد. برای تمام جهان در تمام اعصار با همه تفاوت فرهنگ‌ها می‌باشد. لذا باید طوری صحبت کند که تمامی نیازهای انسان‌ها در همه اعصار را تأمین کند. مثل سوره توحید که هم نیازهای انسان‌های عصر رسالت را تأمین می‌کند هم نیازهای انسان‌های آخرالزمان را. اگر بخواهید یک‌سری مطالب را به مخاطب بدهید، باید یک متن منسجم فصل‌بندی شده همراه با مقدمه به او بدهید، اما اگر بخواهید او را به تفکر و تدبر وادار کنید و اینکه او هدایت شود، این سخن باید با توجه به روحیه و نیازهای مخاطب باشد.
3- وابستگی به ثقل اصغر: در قرآن، آیاتی متشابه وجود دارد که باید به آیات محکم، رجوع داده شود. برای فهم لایه‌های این آیات متشابه، نیاز به ثقل اصغر داریم تا بطون آیه را واضح کرده و بیان کنند. ثانیاً پیامبر اکرم فرمودند: «… ما ان تمسکتم بهما لن تضلوا ابداً…» مادامی که به قرآن و اهل بیت متمسک شوید، گمراه نمی‌شوید. پس هر دو به هم نیاز دارند و مسلمانان به هر دو.
4- ضرورت حفظ آن در این گستره: خداوند برای عدم دستبرد در قرآن و حذف آیات، با ظرافت خاصی عمل کرده. مثلاً وقتی از حکم فقهی سخن می‌گوید در وسط آیه، سخن از ولایت می‌راند؛ به گونه‌ای که نتوانند این قسمت از آیه را حذف کنند.
